Засноване на початку XVII ст. на терииторії Чернігівського воєводства Речі Посполитої. З початком Визвольної війни Богдана Хмельницького тимчасово входило до складу Сосницького полку, пізніше - Ніжинського полку (до 1782). Значна частина мешканців зберегля статус козака і після анексії Гетьманщини - протягом усього часу Російської імперії.

Кілька поміщицьких родів пустили у козацькому селі корені. Найбільш відома родина - Якова Попова, дружина якого - Віра Богданівська - наполегливо працювала над розвитком інфраструктури села та загальної освіти у Шабалинові.

1897 побудована дерев'яна Миколаївська церква.

З 1917 - у складі УНР. З квітня 1918 - в Українській державі Гетьмана Павла Скоропадського. З 1921 - стабільний російсько-більшовицький режим. 1932-1933 село постраждало внаслідок геноциду українського народу, проведеного урядом СССР. 1934 також зафіксовано голод, але вже внаслідок природних обставин та зруйнованої інфраструктури місцевих господарств. Група переселенців з Російської Федерації не змогла закріпитися у селі і була виведена за його межі.

З вересня 1941 - німецька влада. У селі дозволено відновити православне життя, відкрито церкву, закриту росіянами. 1943 - сталіністи повернулися, провівши насильницьку мобілізацію, зокрема з неповних родин та неповнолітніх.

1946 у селі знову проведено голодоморні акції, які включали в себе конфіскацію усього їстівного під виглядом запровадження непомірних продуктових податків.

З 1991 - у складі України. 2004 та 2014 частина мешканців села брала участь у Помаранчевій реваолюції та Революції гідності. У травні 2014 року у селі демонтовано монумент російському політику Владіміру Леніну - один з епізодів явища, відомого як«Ленінопад»

Біля села виявлено городище із знахідками бронзового (ІІ тис. до н. е.), ранньозалізного (V–VI ст. до н. е.) віків, ранньослов'янського часу (IX–X ст.), поселення неоліту і бронзи (IV–II тис. до н. е.), ранньозалізного віку (VI–V ст. до н. е.), ранньослов'янського часу (III–VIII ст.), а також кургани ранньозалізного віку (VI–V ст. до н. е.).

• Дудко Федір (1885–1962) — український письменник, журналіст.
• Віра Богданівська-Попова (1867–1896) — одна з перших у східній Європі жінок-хіміків. Починаючи з 1889 майже кожне літо проводила в с. Шабалинів, в маєтку свого чоловіка Якова Попова. З її ініціативи були відкриті в селі реміснича школа, фельдшерський пункт. Загинула під час вибуху в хімічній лабораторії в Удмуртії (м. Іжевськ). Похована 1896 у селі Шабалинів, а 1897 на могилі споруджено надгробок у вигляді носової частини корабля — цегляна палуба з металевою щоглою, увінчаною хрестом. До могили ведуть сходи, що утворюють арку, під якою обеліск з фотомедальйоном та гранітної дошкою з меморіальним текстом